Rüdiger đủ điều kiện để chơi cho tuyển Đức và Sierra Leone - quê hương mẹ anh. Anh là một thành viên của một số đội bóng thuộc đội trẻ của Đức.

Anh đã ra mắt đội tuyển quốc gia Đức vào ngày 13 tháng 5 năm 2014 trong trận hòa 0-0 trước Ba Lan. Và lần đầu tiên thi đấu cho Đức vào ngày 11 tháng 10 năm 2014 tại vòng loại Euro 2016. Mặc dù ban đầu anh đã có mặt trong đội hình 23 người của đội tuyển quốc gia cho UEFA Euro 2016, tuy nhiên Rüdiger sau đó đã bị loại khỏi giải vì chấn thương.

Anh góp mặt tại Confed Cup 2017 và giành chức vô địch cùng đội tuyển Đức.

Anh cũng được gọi lên tuyển dự World Cup 2018 nhưng đội tuyển Đức đã bị loại ngay sau vòng bảng.